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Broad Institute, Intel y Google avanzan en la investigación biomédica

Broad Institute alcanza nuevos niveles de investigación con la ingeniería de Google y las optimizaciones de Intel

Imagen cortesía del Broad Institute del MIT y Harvard.

Novedades: Como resultado de una colaboración activa con Intel y Google Cloud para acelerar la investigación genómica, Broad Institute, perteneciente al MIT y Harvard, ha optimizado sus flujos de trabajo para instancias rápidas y rentables de Google N1 y N2. En comparación con el despliegue inicial de las cargas de trabajo en Google Cloud, la colaboración dio lugar a una reducción del 85% en el coste del procesamiento de datos tras la optimización (1).

“Sabíamos que la nube permitiría un nivel totalmente nuevo de federación de datos y colaboración, y que podríamos trabajar con otros para crear un ecosistema de datos basado en la nube, en el que los investigadores podrían combinar sus flujos de trabajo en más de los datos que generaran con otros conjuntos de datos en experimentos computacionales más valiosos y potentes.”

– Geraldine Van der Auwera, Data Sciences Platform director of outreach and communications, Broad Institute of MIT and Harvard.

Cómo funciona: Para adaptarse a un aumento espectacular de la generación de datos genómicos y de la demanda de investigación computacional, Broad Insitute migró sus cargas de trabajo a las instancias de Google Cloud N2. Gracias a la modularización de sus flujos de trabajo, al ajuste del tamaño de las instancias en la nube en función de las necesidades de la carga de trabajo, y a la optimización para los procesadores Intel® Xeon® Scalable, los usuarios del Broad Insitute pueden ejecutar sus flujos de trabajo de genómica en Google Cloud alrededor de un 25% más rápido y a un coste un 34% menor mediante la implementación en instancias N2 con procesadores Xeon Scalable (1).

Intel colabora con Broad Institute desde 2017, ayudando a optimizar los flujos de trabajo del instituto y el Genome Analysis Toolkit(GATK) con las bibliotecas de Intel, incluida la Intel® Genomics Kernel Library. Juntos, también gestionan el Centro Intel-Broad para la Ingeniería de Datos Genómicos, un proyecto que permite a los investigadores e ingenieros de software de todo el mundo construir, optimizar y compartir ampliamente nuevas herramientas e infraestructuras que ayuden a los científicos a integrar y procesar los datos genómicos.

Intel ha colaborado con el Broad Institute para ayudar a optimizar sus pipelines en Google Cloud. Por ejemplo, determinados núcleos del Genome Analytics Toolkit están optimizados para operaciones vectoriales con Intel® Advanced Vector Extensions 512 (Intel® AVX-512). Algunas funciones de almacenamiento optimizadas utilizan la Intel® Intelligent Storage Acceleration Library (Intel® ISA-L).

Con el objetivo de hacer realidad una visión más amplia del ecosistema de las ciencias de la vida, Broad Institute, Microsoft y Verily desarrollaron conjuntamente la plataforma Terra, una plataforma escalable y segura para que los investigadores biomédicos de todo el mundo puedan acceder a los datos, ejecutar herramientas de análisis y colaborar. Terra está construida sobre una infraestructura en la nube, lo que permite al Broad Insitute escalar fácilmente y dotar a la comunidad investigadora de nuevas capacidades en beneficio de la investigación de soluciones para las enfermedades humanas.

Por qué es importante: La genómica ha cambiado la forma en que se realiza la ciencia biológica. Con la ayuda de Intel y Google Cloud, Broad Institute está a la vanguardia de la innovación, permitiendo y ayudando a acelerar la investigación genómica. Al migrar a la nube y optimizar las cargas de trabajo para las instancias de Google Cloud, Broad Institute resolvió sus desafíos de capacidad de almacenamiento y capacidad computacional de manera escalable y con visión de futuro. La construcción conjunta de la plataforma Terra permitió a Broad Institute potenciar no sólo a sus equipos de investigación, sino a los científicos de todo el mundo, para que pudieran aprovechar estas herramientas y conductos optimizados, y habilitar un ecosistema de datos federado que abre muchas posibilidades nuevas e interesantes para la investigación biomédica.

Más información:

Enlace al vídeo de Google Cloud Spotlight

Intel y Google Cloud se unen con el programa de investigación All of Us

 

 

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(1)https://terra.bio/speed-up-your-workflows-with-n2-instances-sporting-intels-2nd-generation-xeon-cpus/

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